结肠炎的原因多种多样，应根据具体原因来选择适当的治疗药物。
对于可以找到病原菌的急性结肠炎，如细菌感染，应使用抗生素；对于寄生虫感染，则应使用抗寄生虫药物。而病*感染大多是自限性的，不需要应用抗生素，通过止泻，调整肠道菌群，肠道休息就可以逐步恢复。对于急性感染，有脱水和感染中*的可能性，医院就诊，在医生指导下进行治疗，以避免发生脏器功能衰竭等严重并发症或迁延成慢性结肠炎。
对于慢性结肠炎，明确原因也是治疗的关键。与肠道菌群失调有关的轻微结肠炎症，可能经过调整饮食，服用调整肠道微生态的益生菌类药物即可缓解。与过敏，食物不耐受相关的结肠炎需要明确过敏原，并仔细甄别相关不耐受的食物。对于溃疡性结肠炎等特定疾病，需要在医生具体指导下进行有针对性的长期用药治疗。保守治疗无效或者病情加重或者出现严重并发症的情况时，还可能要进行手术治疗。
总之，结肠炎的治疗需根据患者的病情具体分析，并进行有针对性的，个体化、综合化的治疗。